Powtórzenia genomowe do rejestrowania molekularnego na poziomie pojedynczych komórek
Genomic repeats for single-cell molecular recording
W skrócie
[Preprint - wstępne wyniki] Naukowcy opracowali nową metodę zapisywania informacji o historii komórek bezpośrednio w ich DNA za pomocą powtórzonych sekwencji genomowych i technologii CRISPR. Metoda ta pozwala śledzić aktywność genów w pojedynczych komórkach oraz w całych populacjach komórek, a badacze zidentyfikowali tysiące potencjalnych miejsc do zapisywania takich danych u ludzi, myszy i ryb zebry. W badaniach na żywych myszach naukowcy z powodzeniem zarejestrowali długotrwałą aktywność genów mózgu po wywołaniu epilepsji, co pokazuje praktyczne zastosowanie tej technologii w badaniach neurologicznych.
Oryginalny abstract (angielski)
Genomic recording enables transient biological signals to be indelibly captured through DNA alterations, creating a permanent record of cellular history retrievable by sequencing. However, current methods are limited by scarce writing space, typically targeting only one or a few amenable genomic sites and requiring large cell populations for signal reconstruction. Here, we establish Repeats for Genomic Recording (RGRs): sequences with up to 400 copies targetable by a single CRISPR guide RNA, readable with a common primer pair, and predicted to have minimal functional impact. We demonstrate that RGRs enable both signal deconvolution in single cells and high-resolution recording in cell populations. Individual RGR sites exhibit distinct response kinetics; thus, combining them improves recording resolution beyond what redundancy alone provides, analogous to diversity reception in wireless communication. We develop a computational pipeline for systematic RGR identification, revealing 15,000 to 25,000 candidates per species across human, mouse, and zebrafish, thereby markedly expanding recording capacity and enabling cell-type-specific applications. Finally, we validate RGRs in live mice by recording long-term immediate early gene activity across the brain following epilepsy induction. This work establishes genomic repeats as a high-capacity platform for single-cell molecular recording in vivo.